Высшим органом управления Ассоциации является Съезд.
Также в соответствии с Уставом в Ассоциации образуются и действуют Высший Совет Ассоциации, Президиум Высшего Совета Ассоциации, Правление Ассоциации, Постоянные профильные комиссии Ассоциации, Ревизионная комиссия, а также иные органы и структурные подразделения, образуемые Съездом или Президиумом Высшего Совета.
Без доверенности от имени Ассоциации выступают:
Президиум Высшего Совета Ассоциации
Сопредседатели Высшего Совета Ассоциации
Исполнительный директор Ассоциации
Контрольно-ревизионным органом Ассоциации является Ревизор.
Президиум Высшего Совета
1. Гусева Ирина Михайловна, Сопредседатель ВАРМСУ;
2. Шевченко Андрей Анатольевич, Сопредседатель ВАРМСУ, Председатель Комитета Совета Федерации по федеративному устройству, региональной политике, местному самоуправлению и делам Севера, член Совета при Президенте Российской Федерации по развитию местного самоуправления;
3. Кухарук Руслан Николаевич, Сопредседатель ВАРМСУ, Глава города Тюмени, президент Союза российских городов;
4. Малхасян Андрей Сергеевич, Исполнительный директор ВАРМСУ;
5. Азаров Дмитрий Игоревич, Губернатор Самарской области;
6. Апшев Альберт Русланович, Председатель Ассоциации "Совет муниципальных образований Луганской Народной Республики", Глава города Алчевск Луганской Народной Республики;
7. Бетин Андрей Анатольевич, ректор Мастерской управления "Сенеж";
8. Кондратенко Олег Игоревич, заместитель директора института Высшая школа государственного управления РАНХиГС;
9. Кузьменко Евгения Николаевна, Председатель Ассоциации "Совет муниципальных образований Херсонской области", Глава Новотроицкого муниципального округа Херсонской области;
10. Кулемзин Алексей Валерьевич, Председатель Ассоциации "Совет муниципальных образований Донецкой Народной Республики", Глава города Донецка;
11. Любарский Роман Валерьевич, заместитель председателя Комитета Государственной Думы РФ по региональной политике и местному самоуправлению;
12. Логвиненко Алексей Валентинович, Глава администрации города Ростов-на-Дону;
13. Макиева Ирина Владимировна, Главный управляющий партнер по городскому развитию ВЭБ.РФ;
14. Метшин Ильсур Раисович, Мэр города Казани, член Совета при Президенте Российской Федерации по развитию местного самоуправления, председатель Ассоциации городов Поволжья;
15. Миненков Михаил Анатольевич, Председатель Ассоциации "Совет муниципальных образований Ставропольского края", Глава города Невинномысска Ставропольского края, Герой России;
16. Надсадин Сергей Александрович, Мэр города Южно-Сахалинска Сахалинской области;
17. Никитин Глеб Сергеевич, Губернатор Нижегородской области;
8. Романиченко Наталья Александровна, Председатель Ассоциации "Совет муниципальных образований Запорожской области", Глава Васильевского муниципального округа;
19. Рощупкин Владимир Тимофеевич, Глава Грязинского района Липецкой области, председатель Ассоциации "Совет муниципальных образований Липецкой области";
20. Сапрыкин Юрий Александрович, вице-президент по региональному и международному развитию Фонда Сколково;
21. Цецерский Иван Николаевич, первый заместитель Исполнительного директора ВАРМСУ;
22. Шапша Владислав Валерьевич, Губернатор Калужской области.